Phase 2: Aufzeichnung des Seepegels nach weiteren starken Regenfällen
Während sich die Hochwassersituation in den zunächst betroffenen Gebieten des Mittellandes mit dem Ende der Extremniederschläge am 13. Mai entspannte, verlagerte sich die Luftmassengrenze in Richtung Alpennordseite. Es kam hier zu keinen Extremniederschlägen wie zuvor im Mittelland. Allerdings dauerten die starken Regenfälle vom 11. bis 14. Mai und waren zeitweise sehr intensiv. Zwischen dem 11. und 14. Mai fielen auf fast der Hälfte der Alpennordseite mehr als 100 mm Niederschlag. Besonders betroffen waren die Täler Simmen und Kander.
Dadurch stiegen nicht nur kleine Bäche, sondern auch größere Flüsse und damit der Seespiegel dramatisch an. Besorgniserregend war die Linth-Ebene, wo die alte Linth-Staumauer einzustürzen drohte. In der Nacht zum 15. Mai erreichte Linth vorübergehend das kritische Niveau. Auch die Reuss hat kritische Hochwasserstände erreicht. Dadurch stieg der Vierwaldstättersee so stark an, dass er am 15. Mai nur noch wenige Zentimeter unter dem kritischen Niveau lag und das Kongresszentrum Luzern bedrohte. Auch andere Seen waren von extrem hohen Wasserständen betroffen, es kam jedoch zu keinen größeren Überschwemmungen.
Den Bernern ging es weniger gut. Die Flüsse Simme und Kander erlebten extreme Überschwemmungen. Viele Verbindungen im Simmental und Diemtigtal waren unterbrochen. Am 14. Mai trat der Thunersee über die Ufer und überschritt am 15. Mai das bisherige Maximum von 1910 um 35 cm. Der Rekordwert lag somit rund 70 cm über der Schadensschwelle. Auf einer Länge von 4 Kilometern erreichte das Wasser 400 Meter landeinwärts und überschwemmte Häuser.
Auch das Aaretal war von den Überschwemmungen stark betroffen. Das Flughafengelände Belpmoos stand unter Wasser. Teilweise war die Nutzung der Autobahn A6 nur einspurig möglich. In Bern erreichte der Pegel der Aare einen neuen Rekord seit Beginn der Messungen im Jahr 1917 und trat bereits am 13. Mai auf beiden Seiten über. Am 14. Mai erreichte die Aare einen neuen Rekordstand und überschwemmte den gesamten Bezirk Matte. Die Bewohner mussten evakuiert werden. Im gesamten Kanton Bern wurden über 500 Häuser überschwemmt.
Auch in den Kantonen Schwyz, Zug und Luzern kam es zu kleineren Schäden. Hier waren es teils die kleineren Bäche, die über die Ufer traten, teils die Erdrutsche und Schlammlawinen. Die Häuser am Lauerzer See mussten evakuiert werden.
Am 14. Mai unterbrach ein Erdrutsch die SBB-Strecke Bern-Luzern durch das Entlebuch. Auch die Brünig-Linie und die Zug-Arth-Goldau-Linie waren unpassierbar.
Glücklicherweise beruhigte sich das Wetter ab dem 14. Mai und die Hochwassersituation entspannte sich allmählich. Lediglich der aufgrund seiner Größe langsamer ansteigende Bodensee wies weiterhin einen steigenden Trend auf und näherte sich dem kritischen Hochwassermaximum.
Die Hauptursache für Überschwemmungen sind extreme Regenfälle. Da die Luftmassen warm und feucht waren, regnete es bis in große Höhen. Der gesamte Niederschlag ergoss sich sofort in Flüsse und Seen. Bei den vergleichbaren Frühjahrsregen vom 6. bis 9. Mai 1985 und vom 20. bis 23. Juni 1973 hatte es jedoch oberhalb von etwa 1500 m geschneit, so dass ein Teil des Niederschlags erst nach der anschließenden Schneeschmelze abfloss.
Ein weiterer ungünstiger Faktor war die Tatsache, dass die Böden bereits vorher gesättigt waren, bevor es zu den starken Niederschlägen nach dem regenreichen April kam und durch die Schneeschmelze aufgrund der hohen Temperaturen. Auf hydrologischer Ebene spielte die direkte Schneeschmelze bei starken Regenfällen jedoch eine weitaus geringere Rolle. Dass der Beitrag der direkten Schneeschmelze zur Abflussmenge nicht besonders hoch war, zeigte sich deutlich in niederschlagsärmeren Gebieten (Oberrheintal, Rhonetal, Haslital). Für den betrachteten Zeitraum wurden in diesen Gebieten keine kritischen Hochwassersituationen gemeldet.
