Die Microarray-Technologie ermöglicht die gleichzeitige Analyse Tausender Gene und erleichtert so das Verständnis komplexer Krankheiten und molekularer Reaktionen auf Umweltfaktoren wie Mikrogravitation in weltraumbiologischen Experimenten.
Vor kurzem hat GeneLab die Affymetrix Microarray-Verarbeitungspipeline und die Agilent 1-Kanal-Microarray-Verarbeitungspipeline in Nextflow-Workflows integriert.
Nextflow ist ein Workflow-Manager, der reproduzierbare und skalierbare Workflows mithilfe von Softwarecontainern wie Docker und Singularity ermöglicht – ein eigenständiges, ausführbares Paket, das alles enthält, was zum Ausführen einer Software erforderlich ist, wie Code, Laufzeit, Systemtools, Bibliotheken und Einstellungen. Die Workflows umfassen jeweils drei Unterworkflows:
- Der Analysis Staging-Subworkflow, der Metadaten und Rohdateien aus dem Open Science Data Repository (OSDR) extrahiert.
- Der Microarray Affymetrix- oder Agilent 1-Kanal-Pipeline-Subworkflow, der die Daten entsprechend verarbeitet.
- Der V&V-Pipeline-Subworkflow, der eine Echtzeitvalidierung und -verifizierung (V&V) für die verarbeiteten Datendateien durchführt.
Die 1-Kanal-Workflows von Affymetrix und Agilent stehen zusammen mit Installationsanweisungen im GeneLab Data Processing (DP) GitHub Repository zum Download zur Verfügung und sind für das Datenverarbeitungsteam von GeneLab von entscheidender Bedeutung, um auf dem OSDR gehostete Microarray-Daten zu verarbeiten. Wenn Sie also mit Microarray-Daten arbeiten, schauen Sie sich diese neuesten Workflows an!
Weitere Informationen: https://genelab.nasa.gov/workflows_microarray
Astrobiologie, Weltraumbiologie, Genomik,
Explorers Club Fellow, ehemaliger Nutzlastmanager/Weltraumbiologe der NASA-Raumstation, Auswärtsteams, Journalist, verstorbener Bergsteiger, Synästhetiker, Na’Vi-Jedi-Freman-Buddhist-Mix, ASL, Devon Island und Everest Base Camp-Veteran (er/ ihn)
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